中国北大荒发生离奇爆炸，一所用作军事研究的化学工厂即时化为灰烬。据说有三名“军事实验品”逃离现场。数月后有消息传出，最近在香港不断犯重型械劫案的三名悍匪，实际上就是内地急于寻回的“军事实验品”，于是中央特派更先进完善的改造人“超级女警”聂玲(杨丽青饰)秘密到香港，誓要寻回“军事机密”。
当香港警方发现该三名悍匪所在，派出尹秋水(万梓良饰)等人围捕，混乱中尹秋水为救Yoki(朱茵饰)而中了聂玲的失忆枪，而后当聂玲要消灭证据时，反给尹秋水打伤，暂时失去记忆。为逃过聂玲的追捕，三匪之一的军长(崔正一饰)强迫当年改造他们的秦石博士(查传谊饰)再造手术，令他变得更强，却也因而变得癫狂。
聂玲不敌再改造后的军长，求秦博士也给她动手术，鉴于军长再造后变得癫狂，尹秋水和Yoki求聂玲不要自我牺牲，但眼看众人不敌军长，聂玲为了完成任务，终于接受改造，并要尹秋水等答应在任务完成后要毁灭了她，以免她变成杀人狂徒。终于聂玲改造成更强战士，与军长展开一场超级的世纪大战……
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