持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进在巨大的岩山上朝遗迹前进突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼近，就在快被龙卷风卷入时，随著「帝牙卢卡，拜托了！」的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。 这位名叫「希娜」的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关於被称为诞生一切的幻之神奇宝贝「阿尔宙斯」的古老传说……
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