前作主角・圆堂守所率领的日本代表队闪电日本队在FFI世界大赛获得优胜的10年后、一位最喜欢足球的少年・松风天马因为憧憬闪电十一人、以及用过足球救他的闪电标志，所以着进入雷门中学、而加入雷门足球队不过那时受到社会高度评价而且人材辈出的足球队却已经消失、而让足球完全腐败了不知为何、全国足球被叫作第五部门的组织所控制、如果不依照他们的指示踢球就不能比赛而第五部门的种子选手(被京介称之为种子)・剑城京介只以一人之力就将整个雷门足球队打得遍体鳞伤。于是他们为了找回十年前的足球精神、新雷门十一人们将要和成为雷门足球队教练的圆堂一起共同奋战....
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